Deux grandes zones géologiques structurent l’espace de gestion du Mouhoun : à l’est, la zone de socle occupant les deux tiers du bassin ; à l’ouest, le bassin sédimentaire qui suit un arc nord-est / sud-ouest le long du Mali s’élargissant jusqu’à Bobo-Dioulasso et aux falaises de Banfora
La zone de socle occupe la partie orientale du bassin du Mouhoun sur une superficie de près de 57.000 km² soit 63% du bassin. Elle est constitué de formations cristallines précambriennes comprenant des roches à dominantes granito-gneissique ou migmatique, schisto-gréseuse ou volcano-sédimentaire.
Les aquifères en zone de socle sont discontinus et de faible productivité. Souvent isolés latéralement et verticalement, et d’extension très variable, ces aquifères sont principalement localisés dans les formations granitoïdes (61% de la superficie) et volcano-sédimentaires (19%). Dans les premières, les fractures, les filons et les arènes grenues de la partie altérée sont productifs et peuvent être captés par les forages. Dans les secondes, l’altération étant très argileuse, les zones productives sont pour l’essentiel des fractures, des zones d’écrasement tectonique et des filons.
On notera que les formations volcano sédimentaires du Birrimien, qui couvrent 19% de la zone de socle, sont susceptibles de présenter un potentiel minier important (or, diamant, cuivre…). Ces formations s’étendent suivant deux bandes de plus de 300 km de long : l’une à l’est, depuis les environs de Boromo (mines de Poura) jusqu’à Batié (région Sud-Ouest) en suivant l’axe du fleuve Mouhoun ; l’autre à l’ouest, depuis Gassan au nord jusqu’à Ouo et Loropéni au sud, en passant par le site de la mine SEMAFO-BF. Ces formations peuvent contenir, à l’état naturel, des substances nocives pour la santé, notamment de l’Arsenic.
La zone sédimentaire est située dans la partie occidentale de l’EC-Mouhoun. Elle couvre une superficie de près de 40.000 km2, soit environ 42% du bassin. Elle constitue la bordure sud du vaste bassin sédimentaire de Taoudéni (Précambrien Supérieur) qui s’étend sur le Mali, la Mauritanie, les deux Guinées et déborde en Algérie, au Burkina Faso, au Sénégal et en Sierra Leone.
La zone sédimentaire appartenant à l’EC-Mouhoun est constituée :
Les formations sédimentaires offrent de bonnes potentialités en eau souterraine avec des débits de forage de l’ordre de 30 à 40 m3/h jusqu’à plus de 200 m3/h dans certains cas, et des sources, localisées principalement au sud.